Đội trẻ

Sinh ra tại Linz, Áo, bố mẹ người Bosnia và Croatia chuyển đến đây năm 1991 từ Kotor Varoš, Bosnia và Herzegovina, Kovačić bắt đầu chơi bóng khi còn nhỏ tại học viện LASK Linz trong khu vực.[4][5] Năm 2007, khi Kovačić 13 tuổi, tiền vệ tài năng này được theo dõi bởi các trinh sát từ các đội bóng lớn tại châu Âu, như Ajax, Inter Milan, Juventus và Bayern Munich, nhưng gia đình anh chọn chuyển đến Zagreb, nơi anh gia nhập đội bóng lớn tại Croatia Dinamo Zagreb.[5] Kovačić gặp phải chấn thương nghiêm trọng khi bị gãy chân năm 2009, nhưng anh trở lại sân bóng sau đợt điều trị dài ngày vào 31 tháng 5 năm 2010, thi đấu trận cuối cùng của giải trẻ U-17 Croatia, trong chiến thắng 5–0 trước U-17 RNK Split.[6]

Inter Milan

Ngày 31 tháng 1 năm 2013, Kovačić đồng ý chuyển sang Inter Milan. Thương vụ được tiết lộ trị giá tổng cộng 15 triệu €, với 13 triệu € trả ngay và 2 triệu € nếu Inter được dự UEFA Champions League.[7] Real Madrid, Manchester City, và Chelsea cũng đã muốn có Kovačić, nhưng cuối cùng anh gia nhập Nerazzurri. Đến với đội bóng, Kovačić nhận chiếc áo số 10, trước đó của Wesley Sneijder.[8] Kovačić ra mắt Inter 3 ngày sau, ngày 3 tháng Hai, vào thay người ở hiệp 2 trong trận đấu tại giải Serie A với Siena.[9]